污染物進入河流后，由于環境的變化（如基質減少、日光殺菌、水溫及pH不適、化學毒物存在、吞食細菌的原生動物存在等），使污水中帶來的細菌、病原菌、病毒等逐漸死亡，從而使水體在一定程度上得到自然凈化。
如從河流中形成自凈作用的場所上看，又可以分成以下幾類：
（1）河水與大氣間的自凈作用這種作用表現為水體中氣態物質向大氣中的擴散，如河水中的CO2、H2S等氣體的釋放。
�。�2）河水中的自凈作用污染物質在河水中的稀釋、擴散、氧化、還原，或由于水中微生物作用而使污染物質發生生物化學分解，以及放射性污染物質的蛻變等等。
�。�3）河水與底質間的自凈作用這種作用表現為河水中懸浮物質的沉淀、污染物質被河底淤泥吸附等等。
�。�4）河流底質中的自凈作用由于底質中微生物的作用使底質中的有機污染物質發生分解等。
由此可見，河流自凈作用是包含著十分廣泛的內容的，而在實際上這些作用又常相互交織在一起，因此在具體研究工作中必然要有所偏重。目前在河流自凈作用的研究上，多側重于狹義的自凈作用，即主要研究河水中的有機污染物質由于微生物而形成的生物化學分解作用。從自凈作用產生的場所上看，目前則是以研究在水中發生的自凈作用為主。
