一、破壞細胞結構
1.細胞壁損傷：抗菌物質可以競爭性抑制合成細胞壁成分的酶反應，從而抑制微生物細胞壁的合成。(青霉素、頭孢菌素、季銨鹽、溶菌酶切斷葡聚糖、醛與氨基的反應)
2.破壞細胞膜：破壞細胞膜中脂質分子與蛋白質的連接，破壞磷脂的分子結構；通過改變細胞膜的表面電荷性質，破壞細胞膜的通透性；通過抑制磷脂各種成分的合成，抑制細胞膜的合成。
3.破壞蛋白質結構：抗菌物質可使酶變性失活，與蛋白質的巰基、氨基相互作用，破壞酶蛋白的立體構象，甚至分解一部分蛋白質，從而破壞蛋白質鏈間的親油鍵。
二、影響新陳代謝
1.破壞酶的三維構型，從而使酶變性失活：當防霉物質破壞酶蛋白的空間構型時，勢必會使其活性中心斷裂，使酶失去活性；
2.抑制酶活性：防霉劑可與酶-SH、 -OH等活性中心氨基酸殘基的活性基團相互作用。使這些活性基團的化學性質和空間構型發生改變，但酶活性降低甚至喪失；
3.與酶的活化劑(金屬離子)螯合，抑制酶的活性：防霉物質可干擾細胞內金屬的利用，從而抑制酶的活性，在一定空間內結合金屬，阻止微生物利用；它還可以進入微生物細胞，并結合細胞中的金屬。
